Что нужно понимать
Большая задача: анализ последовательностей, координаты, кластеры и оптимизация сложности.
Сложность
Полный перебор пар или расстояний может быть допустим только для небольших кластеров.
Точки
Для координат используйте float и аккуратно считайте расстояния.
Центроид-медоид
В кластеризационных задачах центр может требоваться именно среди исходных точек: минимальная сумма расстояний до остальных.
Сначала сделайте корректное решение на малом примере, затем оцените n и только после этого оптимизируйте. В задачах про кластеры особенно важно не перепутать среднее координат с центром, определённым условием.